限期治理是环境管理中的一项重要的法律制度，其程序有：
（1）部分针对污染源作出的限期治理决定，在作出前需由环保部门对污染源进行现场检查；
（2）限期治理决定作出后，对相对人执行这一决定的情况，环保部门还需进行监督检查；
（3）对在限期内完成治理任务的单位，环保部门经审查并报作出限期治理决定的人民政府批准，向其颁发限期治理合格书；
（4）对逾期没有完成限期治理任务的单位，由环保部门对其处以罚款或由人民政府依法责令其停业关闭。限期治理决定应以限期治理决定书的形式，由作出限期治理决定的机关向被限期治理的单位发布。