存疑不起诉案件发现新证据的话仍然可以重新起诉的。刑法第4条规定，任何人都没有超越法律的特权，维护社会主义社会秩序是公检法机关的基本职责，在发现新的犯罪证据，且足以追究犯罪嫌疑人刑事责任的情况下，司法机关有义务、有权利重新起诉。
一、存疑不起诉案件新证据是否可以重新起诉?
如果有新证据可以重新起诉，“有法可依，有法必依，执法必严，违法必究”是我国法制的基本原则。《刑法》第四条也规定：“对任何人犯罪，在适用法律上一律平等。不允许任何人有超越法律的特权。”控诉犯罪，保护人民，保障国家安全和社会公共安全，维护社会主义社会秩序，是公安、检察机关的基本职责。公安、检察机关作为控诉犯罪的专门机关，理所当然有权力、也有责任在发现新证据，足以追究犯罪嫌疑人刑事责任的情况下，向法院提起公诉。
司法实践中，常有一些案件，由于关键证人短期内无法找到，共同犯罪案件其他犯罪嫌疑人在逃等原因，在犯罪嫌疑人拒不供述的情况下，往往很难排除一些合理怀疑，而基于办案期限，为保障人权，只能作出存疑不起诉决定，但这并不是说犯罪嫌疑人客观上没有犯罪，一旦相关证人找到，或者共犯被抓获，案情就会显得清清楚楚，此时如能证实原先被不起诉的犯罪嫌疑人有罪而不将其交付审判，实有悖“违法必究”和“法律面前人人平等”的原则。
二、存疑不起诉的情形
(1)据以定案的证据存在疑问、无法查证属实的。
(2)犯罪构成要件事实缺乏必要的证据予以证明的。
(3)证据之间的矛盾不能合理排除的。
(4)根据证据得出的结论具有其他可能性而无法排除的。
三、检察院提起公诉的实体条件
实体条件包括两个：一是犯罪嫌疑人的犯罪事实已经查清，证据确实、充分;二是依法应当追究刑事责任。
所谓犯罪事实已经查清，是指检察机关对下列事实已经查证属实：
(1)确定犯罪嫌疑人实施的行为是犯罪，而不是合法行为或者一般违法行为的事实;
(2)确定被告人应当负刑事责任，而不是不负刑事责任或者可以免除刑事责任的事实，例如犯罪嫌疑人的年龄、精神状况等;
(3)确定犯罪嫌疑人实施的是某一种或某几种性质的犯罪的事实;
(4)确定对犯罪嫌疑人应当或者可以从轻、减轻或者从重处罚的量刑情节的事实。查清上述事实，就符合犯罪嫌疑人的事实已经查清的条件。根据《人民检察院刑事诉讼规则》的规定，具有下列情形之一的，可以确认犯罪事实已经查清：
(1)属于单一罪行的案件，与定罪量刑有关的事实已经查清，不影响定罪量刑的事实无法查清的;
(2)属于数个罪行的案件，部分罪行已经查清并符合起诉条件，其他罪行无法查清的;
(3)无法查清作案工具、赃物的去向，但有其他证据足以对被告人定罪量刑的;
(4)言词证据中主要情节一致，只有个别情节不一致且不影响定罪的。
存疑不起诉和绝对不起诉的性质是完全不一样的，因为检察院不起诉的原因是某些证据存在着疑点，没办法直接证明犯罪嫌疑人的罪行。就算当初因为存在着疑点作出了不起诉的决定，可是，公安机关对待类似案件之后也会继续收集证据的，让罪犯得到应有的惩罚是建设法制社会的基础。
