申请笔迹鉴定费用负担方是败诉方，但一般情况下应当按照谁申请的笔迹鉴定，谁就先垫付的原则进行处理，这在我国法律上是有明确的规定的，最后根据司法判决的结果，由败诉方来承担相关费用。

一、申请笔迹鉴定费用负担方是谁?

谁申请谁先垫付，最终由败诉方承担。《中华人民共和国民事诉讼法》第七十六条 当事人可以就查明事实的专门性问题向人民法院申请鉴定 。第七十八条当事人对鉴定意见有异议或者人民法院认为鉴定人有必要出庭的，鉴定人应当出庭作证。经人民法院通知，鉴定人拒不出庭作证的，鉴定意见不得作为认定事实的根据;支付鉴定费用的当事人可以要求返还鉴定费用。

二、民事诉讼鉴定费用并非败诉承担的其他情况

1、《诉讼费交纳办法》第12条规定诉讼过程中因鉴定、公告、勘验、翻译、评估、拍卖、变卖、仓储、保管、运输、船舶监管等发生的依法应当由当事人负担的费用，人民法院根据谁主张、谁负担的原则，决定由当事人直接支付给有关机构或者单位。

由此可见鉴定费、评估费等费用应当由负有举证义务的一方承担而不是应当由被告承担。也就是说谁对待证明事实负有证明义务，谁就承担有关鉴定费、评估费。

2、《诉讼费交纳办法》第6条鉴定人、在人民法院指定日期出庭发生的交通费、住宿费、生活费和误工补贴属于诉讼费用的一种，这项费用应当由被诉方承担。

但是在人身损害等案件中由于当事人可以在伤残鉴定确定后变更诉讼请求，在变更诉讼请求时可以把鉴定费变更到新的诉讼请求中去，而有关伤残鉴定等事项的鉴定费用又属于由于人身损害导致的间接损失，往往这样的鉴定费得到了法院的支持，但是需要注意这样的鉴定费是支持在诉讼请求之中的，而不是在处理诉讼费时进行的分配。

对于笔迹鉴定的相关程序、规定和要求应当由司法机关结合实际来进行处理，特别是对笔迹鉴定的相关程序不清楚的，应当由司法机关来进行判决处罚，但必须到要专业的鉴定机构来进行处理，因为笔迹鉴定的准确性是非常有限的。