两份笔迹鉴定对方均不认可的话，可以申请重新鉴定，找更高级的鉴定机构办理。在民间合同纠纷中，笔迹鉴定应用的比较多，主要是判定合同签字的真伪，如果申请了多次鉴定，被告不认可鉴定内容的，原告可以去申请再次鉴定。

一、两份笔迹鉴定对方均不认可怎么办?

对于鉴定结论跟事实不符，可重新鉴定。可共同选定或法院指定更权威的鉴定机构进行鉴定。由同一鉴定机构进行鉴定，是因为原司法鉴定所鉴于对已办结的鉴定案件，当事人多次上访，依据该所内部复核程序启动并进行的，同时邀请了省内相关专家进行会诊，才以第二次的鉴定报告更正第一份鉴定书的结论，并宣告第一份司法鉴定书作废。

公民在日常生活中难免会与他人产生纠纷，如果在纠纷无法解决时也会通过诉讼的方式来解决，为了保证案件能够顺利审理和侦破，其中也会对相关的证据进行司法鉴定，那么在选择司法鉴定机构时，也一定要选择正规合法的司法鉴定机构，这样也是为了确保自己的权益不受侵害。

二、笔迹鉴定的举证责任在谁?

对笔迹鉴定的申请由谁提出，应当根据具体案情的不同而分配。当原告所提供证据达到了证明借贷关系成立或证明了借条系被告所书，完成了举证责任时，被告如否认是其签字则由被告申请作笔迹鉴定;当原告本身不能完成证明责任时，则首先应当由原告自己申请作笔迹鉴定，从而完成自己的证明责任。只有在原告完成了借条是被告所签的举证责任后，被告抗辩时，举证责任才依法发生转移，由被告对抗辩事实进行举证，这是对“谁主张、谁举证”原则的正确理解。

三、司法鉴定的原则有哪些?

1、司法鉴定机构必须是按法律、法规、部门规章规定，经过省级以上司法机关审批，取得司法鉴定实施权的法定鉴定机构，或按规定程序委托的特定鉴定机构。司法鉴定人必须是具备规定的条件，获得司法鉴定人职业资格的执业许可证的自然人。

2、鉴定程序合法性，包括司法鉴定的提请、决定与委托、受理、实施、补充鉴定、重新鉴定、专家共同鉴定等各个环节上必须符合诉讼法和其他相关法律法规和部门规章的规定。

3、鉴定的步骤、方法应当是经过法律确认的、有效的，鉴定标准要符合国家法定标准或部门(行业)标准。

4、鉴定结果的合法性，主要表现为司法鉴定文书的合法性。鉴定文书必须具备法律规定的文书格式和必备的各项内容，鉴定结论必须符合证据要求和法律规范。

综上所述，双方发生合同纠纷，在签字上面存有争议的，如果经过多次鉴定，不同的鉴定机构出具双份鉴定书，对方均不认可的话，作为原告，可以再次申请笔迹鉴定，去找权威机构鉴定。申请笔迹鉴定的举证责任在原告，鉴定的时候需要预交一笔费用。