破坏军事设施罪立案的标准是犯罪嫌疑人存在破坏武器装备、军事设施或者军事通信的行为，就构成了犯罪，就必须立案追究处理，因为本罪是属于行为犯罪，并不一定需要形成犯罪事实后果。
一、什么标准下破坏军事设施罪才立案?
破坏军事设施罪立案，是行为人实施了破坏武器装备、军事设施、军事通信的行为，原则上就构成本罪，应当立案追究。根据《刑法》第369条的规定，破坏武器装备、军事设施、军事通信的，应当立案，因为本罪是行为犯。本罪的犯罪对象是武器装备、军事设施、军事通信。武器装备是指武装部队用于实施和保障作战行动的武器、武器系统和军事技术器材。军事设施是指国家直接用于军事目的的建筑、场地和设备。军事通信，是指武装部队为实施指挥或者武器控制而运用各种通信手段进行的信息传递活动。
二、本罪的认定结果是什么?
(一)区分破坏本罪与破坏交通设施罪、破坏易燃易爆设备罪、破坏广播电视、公用电信设施罪的界限
他们在犯罪的主体、对象、犯罪的手段、犯罪的故意等方面有相同之处。其主要区别在于：
(1)本罪属于危害军事利益的犯罪，而后几种罪是危害公共安全的犯罪;
(2)本罪破坏的对象只限于军事设施，而后几种罪破坏的对象不限于军事设施。因此，凡是行为人，故意破坏军事设施，即使客观上也危害公共安全，仍应以破坏军事设施罪论处。
(二)本罪与故意毁坏财物罪的界限
本罪是一种比故意毁坏公私财物罪的危害大得多的犯罪。它的严重性不仅仅在于被破坏的武器装备、军事设施、军事通信的财产价值，而是在于这种破坏行为能够使武器装备丧失其应有的效能，从而严重影响我军的战备和战斗能力。其主要区别是：
(1)侵犯的客体不同。本罪侵犯的客体是与武器装备的使用能力相联系的军事利益，而后者侵犯的客体是公私财物的所有权;
(2)本罪破坏的是特定对象，即武器装备、军事设施、军事通信，后者破坏的对象，是各种公私财物。据此，非军职人员破坏武器装备、军事设施、军事通信以外的一般财物，如生活用品、办公设备等，或者破坏武器装备、军事设施、军事通信的局部，并不影响其使用的，应依故意毁坏财物论处。
(三)因盗窃而引起破坏武器装备、军事设施、军事通信的行为的定性
当前，因盗窃财物造成武器装备、军事设施、军事通信被破坏的现象比较普遍，这类犯罪属于牵连犯。在认定时，首先要根据因盗窃所破坏的武器装备、军事设施、军事通信的重要程度、犯罪情节、所盗物品的价值，分别确定破坏武器装备、军事设施、军事通信罪与盗窃罪应当适用的法定刑，然后按照重罪吸收轻罪的原则定罪处罚。
(四)用放火、爆炸等危险方法破坏武器装备、军事设施、军事通信的行为的定性
用放火、爆炸等危险方法破坏武器装备、军事设施、军事通信，属于牵连犯，应按照重罪吸收轻罪的原则，以放火罪、爆炸罪定罪处罚。
以上就是我国法律上对于破坏军事设施罪的具体立案和处理标准，对于相关事项的办理，还必须要依据司法机关的相关调查取证情况而定，特别是存在相关行为的认定，可以从音频或者视频以及其它人员的证言上来进行认定处理。
