随着生物碱研究的不断深入发展，其定义的严格性总是伴随着种种新的限制。多数学者将生物碱定义为不包括低分子胺类、非环甜菜因类、氨基酸、氨基糖、肽类、蛋白质、核酸、核苷酸、卟啉和维生素类在内的天然产的含氮有机化合物。目前认为比较切确的表述是生物碱是含负氧化态氮原子、存在于生物有机体中的环状化合物。环状结构排除了小分子的胺类、非环的多胺和酰胺。负氧化态氮虽然包括胺（-3）、氮氧化物（-1）、酰胺（-3）化合物等，但排除了含硝基（+3）和亚硝基（ +1）的化合物如马兜铃酸等。生物有机体是从实用考虑将其范围限于植物、动物和其它生物而排除了前者定义中所限制的大多数化合物，但同时却包括了前者定义中例外的大多数化合物如秋水仙碱、胡椒碱、笨丙胺类和嘌呤类（如咖啡因）等。