西汉中晚期,《内经》成编,当时并未分为《素问》、《灵枢》。统称为《黄帝内经》,共18卷。见于《七略》及《汉书·艺文志》。

　　东汉,《内经》一书存在,是否完整不详。据张仲景《伤寒杂病论》序,《内经》分为《素问》、《九卷》两书。丹波元简曰:“九卷即今之灵枢。

　　晋,《内经》一书存在。当时分为《素问》、《针经》两部书。皇甫谧曰:“按《七略》、《艺文志》黄帝内经十八卷。今有《针经》九卷,《素问》九卷,二九十八卷,即《内经》也。亦有所亡佚。《针经》是皇甫谧为《九卷》所命之名。恐与开篇《九针十二原》“先立针经”之语有关。

　　南北朝,《内经》存在。《素问》第七卷亡佚。丹波元简《素问识》题解云:“据林亿等说,全元起所注本乃无第七一通。《灵枢》不详。出现第一部注解《内经》的专书。书名《内经素问训解》,全元起著。

　　隋,《素问》尚存,乃沿用《九卷》之名。杨上善引《灵枢》经文,仍称《九卷》或《九卷经》。杨上善对《内经》（包括《素问》、《灵枢》）进行分类编排,并加以注释,书名为《黄帝内经太素》。

　　唐,《内经》存在。《素问》仍阙第七卷。《灵枢》仍以《针经》或《九灵》为名。王冰将《针经》或《九灵》改为《灵枢》。王冰补入《素问》的阙卷,其补入内容即今之七篇大论。王冰3修订《素问》并加以注释,由9卷改为24卷。

　　宋,《内经》存在。《素问》在王冰本基础上又经林亿等重新考证,定名为《重广补注黄帝内经素问》（今称《新校正》）,元、明、清至今皆据此翻刻影印,未再改易。《灵枢》遗失散落,无全本。元祐八年正月,高丽献书,有《黄帝针经》,篇俱存。南宋时,史崧（公元1155年）献出家藏旧本《灵枢》9卷,共81篇,即今之通行的《灵枢》。