原则上适用于传统手术的各种神经系统病变，但考虑到该系统操作复杂，费用昂贵，目前主要用于下列疾病：

　　1.活检、颅内异物取出术；

　　2.颅内深部病变，如脑干、丘脑及其他中线附近病变；体积较小的海绵状血管瘤、脑膜瘤、转移瘤等；

　　3.功能性神经外科定向手术；

　　4.颅内较小病变的准确定位和小切口术式设计，如突面小脑膜瘤、脑脓肿等；

　　5.国外也有用于脊髓外科手术的报道；

　　6.深部胶质瘤借助于导航系统，可以提高手术全切率，又能避免过多的损伤周围正常结构。