临床上，可以根据患者的症状、体征、尿培养等作出男性尿路感染的诊断。
　　（1）症状：男性尿路感染分为尿路刺激症状（尿频、尿急、尿痛、排尿困难）和阻塞性症状（排尿延迟、夜尿、尿流缓慢和滴流）两大类。一般认为，阻塞性症状如果急剧出现并伴有菌尿症，可反映前列腺感染或炎性肿大。此外，菌尿症可引起前列腺、副睾、精囊或睾丸的感染，此时可依靠局部症状诊断。
　　（2）体征：体检对疑诊的尿路感染有一定意义。通过对外生殖器的望诊和触诊，以判断有无尿道排出物、尿道口红斑、龟头炎症、阴茎损伤、副睾或睾丸肿大、压痛和腹股沟淋巴结肿大等。肛诊检查触诊前列腺，当有急性细菌性前列腺炎时，前列腺肿大、压痛。
　　（3）尿培养：培养标本包括以下几类：
　　①自然排放尿液：男性自然排出的尿液与女性不同，其污染率＜1%，故无需使用中段尿培养，但如初段尿液培养有3种以上的菌种生长，且无一超过80%的生长率，特别是有一种菌种属非尿路致病菌时，则提示标本污染，必须指导收集中段尿再做培养。
　　②膀胱尿液：不能自行排尿的患者需要导尿，但导尿会诱发菌尿症和损伤尿道口。因此，对无凝血障碍或腹壁缺陷的患者可使用耻骨上穿刺取尿。但如要测量膀胱残余尿量或暂时膀胱引流，则导尿法仍有必要。
　　③留置导尿管收集的尿液：男性长期留置导尿管引起感染的机会大于女性，这是因为有局部并发症（如前列腺炎、副睾炎等），因此，使用导尿管应严格掌握指征，留置导尿管应采用无菌闭式引流，且如有可能尽早拔除。尿失禁病人如带阴茎套，则必须消毒龟头后换上新阴茎套和贮尿袋，在30～120分钟内收集尿液。套袋应每24小时更换一次。
　　对于尿培养的结果，多数学者认为：自然排放尿液如果单种或主要菌种菌落数≥103/mL，则诊断为男性真性菌尿可靠。若沿用≥105/mL的标准，则敏感性仅占62%，有报道认为：一次尿培养用于老年人真性菌尿诊断，可靠性＞95%。
　　需要指出的是：80年代以来，人们注意到尿路感染的致病菌发生了注目的变化，原先占绝大多数的大肠杆菌所占比例数减少，而过去较少见的肠球菌却逐年上升，特别是医院内感染者；二种细菌以上混合感染和真菌性尿路感染同样日益受到重视。