慢性肾盂肾炎可引起慢性肾功能衰竭，反之，在各种慢性肾脏病所致慢性肾衰基础上，也易发生尿路感染。其发病机理有以下几点：①各种慢性肾脏病致肾组织疤痕形成，引起肾内梗阻而致局部尿流不畅；②肾功能减退，尿流量减少，尿液贮存于膀胱的时间延长，有利于细菌的繁殖；③慢性肾衰时病人的免疫力和抵抗力下降，白细胞移动和吞噬功能减弱，而尿毒症患者食欲不振、营养不良、贫血、代谢性酸中毒又将进一步削弱抵抗力，而易于罹患尿路感染。
　　慢性肾衰并发尿路感染的发病率不大相同，从14%到74%不等。中山医科大学统计397例CRF，65例发生尿路感染，发病率为16.4%，其发病率可能与其原发病不同有关。叶任高等认为，梗阻性肾病所致尿毒症，并发尿路感染的发病率最高，达71%，多囊肾、痛风肾、肾小管性酸中毒等原发病者，亦常并发尿路感染。
　　慢性肾衰并发尿路感染的不良后果有以下几方面：①尿路感染可促使慢性肾衰患者肾功能的恶化；②Jones曾指出：CRF时低度活动的肾盂肾炎，即可引起严重的败血症；③CRF长期透析病人的肾脏会发生囊肿，囊肿如被感染波及，可变为肾脓肿；④CRF中的败血症，约20%是由尿路感染而来。
　　慢性肾衰并发的上尿路感染可引起肾间质的充血和水肿，加重肾脏负担，加重肾功能损害，甚至出现慢性肾衰急性化。此为慢性肾衰的可逆性加剧因素，若能控制或治愈感染，可改善肾功能，使病情有所好转，甚至可解除尿毒症状态，否则，肾功能迅速恶化，甚至引起死亡。