有一些男性不育症患者的器质性病变，无法通过药物解决，只能采取手术治疗的方法。主要有以下几类：
　　（1）生殖器畸型或发育异常常见的有隐睾、尿道狭窄、尿道瘘、尿道下裂、尿道上裂、严重的阴茎硬结症等。
　　（2）梗阻性无精子症包括输精管、精囊先天缺如引起的梗阻性无精子症；输精管节段性不发育；输精管医源性损伤或结扎；射精管口先天性狭窄等。
　　（3）精索静脉曲张在男性不育症中，精索静脉曲张的发生率高达20%～35%，采用精索内静脉高位结扎治疗，可使部分病人恢复生育能力。
　　（4）器质性性功能障碍包括因阴茎严重创伤、骨盆骨折、血管性因素（如静脉瘘）或神经性疾病引起的阳痿，以及一些因器质性病变引起的逆行射精患者。