运用抗菌素原则如下：

　　（1）选用对致病菌敏感的药物。

　　（2）依据病变部位选择抗菌素。下尿路感染为尿路浅层的黏膜病变，要求在尿中有高浓度的抗菌素，如呋喃坦啶、庆大霉素等。上尿路感染是肾实质深部感染，要求抗菌药在血中和尿中均有较高浓度，最好能选用杀菌剂，避免肾实质永久性损害。

　　（3）避免使用肾毒性药物。慢性肾盂肾炎病人或多或少伴有肾功能不全，而肾功能减退时，抗菌药物的排泄减少，致使尿中的药物浓度降低，感染不易控制，在体内则易蓄积中毒，进一步损害肾功能，因此选用抗菌药物时，要考虑到目前的肾功能状态、药物的毒性，半衰期，蛋白结合率，以及在体内代谢和排泄情况。治疗避免使用肾毒性抗菌素。

　　（4）联合用药：必要时联合使用2种或2种以上的抗菌药物可产生协同作用，达到提高疗效的目的。正确的联合使用抗菌药可减少耐药菌株的出现。联合用药的指征为：①单药治疗失败；②严重感染；③混合感染；④耐药菌株感染。