微生物检查阴性率高原因有以下方面：送检标本前使用了抗菌药物；标本留取不合格；标本接种不及时；实验室在选择培养基等方面处置不当。除前述临床、实验室可改进的问题外，一些微生物为常规方法无法检出，或病原体并非持续存在（如一过性的菌血症）等原因，需要通过改进技术手段、多次送检来改进。