器质性痛经绝大多数是继发性痛经，能导致器质性痛经的常见因素是慢性盆腔炎、盆腔结核、子宫内膜异位症等。
（1）慢性盆腔炎：慢性盆腔炎所致痛经的治疗，首先要注意休息，讲究卫生，改善营养，加强锻炼，树立彻底治疗疾病的信心。常采用的治疗措施有：
①全身用药：主要的是使用抗菌素，在使用抗菌素的同时加用肾上腺皮质激素可增强疗效。还可以用胎盘组织液或胎盘球蛋白等肌肉注射，以提高机体抗病能力，促进局部炎症吸收。另外使用孕激素，如黄体酮、安宫黄体酮等药，也有一定疗效。
②局部用药：慢性盆腔炎由于长期炎症刺激，器官周围易于出现粘连，抗菌药物不易进入病变组织，而局部用药则可有效地弥补全身用药的这一不足，可以将已选定的药物进行侧穹窿封闭、宫腔注射等。
③物理治疗：理疗的方法与种类很多，如超短波、远红外、音频等，这些治疗措施可促进血液循环，缓解组织粘连，改善局部营养，有利于炎症消散。
④手术治疗：手术治疗应根据具体情况，严格掌握适应症，酌情施行子宫及双侧附件切除术。本治疗方法主要适用于年龄在40岁以上，已无生育要求，并且病程迤逦，久治不愈，严重影响工作与学习，妇科检查有较大的炎块或积水，其肿块直径在6厘米以上者。
（2）盆腔结核：盆腔结核亦属炎性反应，但有它的特异性，治疗一般采取以下措施。
①一般治疗：生殖器官结核与其它器官结核一样，机体抵抗力的强弱对控制疾病的发展，促进病灶的愈合，防止日后复发等，均起着重要作用。所以患者要注意饮食起居的自我将息调摄，对因生殖器官结核而引起不孕者，更要注意精神情绪的调节，以提高机体对疾病的抗御能力。
②抗结核药物治疗：抗结核药多为抗生素或合成药，其作用主要在于破坏或干扰结核杆菌的代谢过程，从而抑制其生长、繁殖及毒素的形成。最常用的异烟肼、链霉素、利福霉素类及吡嗪酰胺为杀菌剂，其它如对氨水杨酸、乙胺丁醇等皆属抑菌剂。临床上一般坚持联合、规则和全程用药。现在多数主张分强化（1～3个月）和巩固两个阶段治疗。总疗程一般不少于一年。由于生殖器官结核病变具有慢性和复发性倾向，治疗效果随机体反应性、细菌毒力和化学药物作用而异。治疗时间过短，复发率很高，治疗时间过长，结核杆菌就易于形成耐药菌株。为了推迟耐药菌株的产生，提高治疗效果，在治疗初期可以将链霉素、异烟肼和对氨水杨酸三药联合应用，一般情况下即使有耐药菌株存在，联合用药的办法也会有治疗作用。倘若常用的抗结核药物已产生耐药时，则可应用无耐药的药物，如利福平、卡那霉素、乙胺丁醇等药的继续治疗。
③手术治疗：手术治疗不是首选的治疗措施，但对于由结核因素造成的急性输卵管积脓、卵巢脓肿等经抗结核药物治疗无效或治疗后又复发者；更年期或更年期以后生殖器结核，但无其它活动性结核者；有继发性感染、盆腔炎症反复发作，盆腔脏器严重受累者；月经血细菌持续阳性或月经过多，久治不愈的结核性子宫内膜炎；久治不愈的结核性瘘管等，可以考虑子宫及附件全部切除术。需要注意的是，术前必须进行抗结核药物治疗，以免因手术致使结核活动及扩散。
（3）子宫内膜异位症：子宫内膜异位症的治疗原则是根据患者的症状、病灶的部位、范围、年龄、对生育的要求，以及是否并发其它妇科疾病而定。现代医学的具体治疗方法如下：
①合成孕激素：可用炔异诺酮、炔诺酮、甲地孕酮、氯地孕酮、安宫黄体酮等药物作周期治疗，使异位的子宫内膜退化。一般从月经周期第6天开始至第25天，每日一次口服上述药物当中的一种5～10毫克，疗程视治疗效果而定，此法可抑制排卵。若希望生育者，可以从月经第16天开始服至第25天，每日一次用炔异诺酮或炔诺酮10毫克。这样既可控制子宫内膜异位症造成的痛经，又不致于影响排卵。
此外，还有人主张应用大剂量合成孕激素3～10个月，造成假孕状态，使异位的子宫内膜组织产生脱膜反应，继之坏死，最后被吸收而消失。应用剂量应由小逐渐加大，在预计月经来潮前一周开始，服甲地孕酮一次4毫克，一日2次，连服1周；第二周1次4毫克，一日3次；第三周1次8毫克，一日2次；第四周以后逐渐增加剂量至20毫克，每日1次。或服炔异诺酮或炔诺酮5毫克，每日1次；第二周继之10毫克，每日1次；第三、四周15毫克，每日1次；第五、六周20毫克，每日1次；第七、八周30毫克，每日1次；第九、十周40毫克，每日1次，直至症状及体征改善或缓解为止。假孕疗法至少应持续3个月，最长可达2年，这种疗法约有80%的患者确能显著改善其症状及体征，但也有约20%的患者在治疗后半年又有复发。
②睾丸酮：对子宫内膜异位症也有一定疗效。剂量应随着耐受量而定，开始剂量可为10毫克，每日2次。于月经周期后2周开始，口含化内服，这一剂量很少有影响周期及发生男性化的副作用。但要达到止痛目的，常需持续几个周期。此后可减少用量，再持续治疗一个时期后，停药观察。如能妊娠则本病即可治愈。也有每日1次口服甲基睾丸素10毫克，或肌肉注射丙酸睾丸酮25毫克，每周2次，6～8周为一疗程。两疗程之间，至少停药4周。这一治疗方法，可以引起月经延迟，月经量减少甚至闭经，但停止治疗后均可以恢复。
③手术治疗：手术治疗是有效的治疗方法。对药物有反应或药物治疗无效者可实施手术治疗。
如为内在性子宫内膜异位症，年龄接近40岁，或已有子女，不伴有外在性子宫内膜异位者，可行全子宫切除术，保留双侧附件。但有外在性子宫内膜异位症而病灶不能清除者，则应将附件切除。如年轻要求保留生育能力而子宫内膜异位症仅局限在子宫一处，可行病变区域剜除术。
④放射治疗：病灶位于肠道、泌尿道或盆腔结缔组织等处不易进行手术，或内分泌治疗效果不好，或接近绝经期的复发病例，或患者身体情况差，或其他原因如过于肥胖，对手术有很大顾虑等，也可采取放射治疗，造成人工绝经。一般用宫腔镭疗或钴60放射治疗，能破坏卵巢功能，使异位内膜萎缩。
另外，还有不少疾病也可继发形成器质性痛经，其治疗的关键就在于治疗原发疾病，只要治愈了导致诱发痛经的原发病症，其痛经亦就自然会缓解或消失。
