肺是脂肪栓子最先到达的部位。栓子堵塞肺的小动脉及毛细血管，造成肺的血液灌流障碍。于是，肺的气体交换障碍，导致缺氧。由于脂肪栓子分解出的游离脂肪酸的刺激，肺血浆渗出增加，形成肺水肿，进一步阻碍肺的气体弥散功能，加重低氧血症。这是造成死亡的重要原因。

　　肺内的栓子如小于20微米可通过肺循环进入全身血液循环，在肺以外的脏器，如脑、肾、心脏、眼底和皮肤造成栓塞。脑栓塞后出现中枢神经系统症状，表现为烦躁、嗜睡或昏迷。心脏栓塞后多数表现为心动过速。肾栓塞后尿出现脂肪滴。眼底及皮肤栓塞后出现出血点。