霍乱弧菌在分类学上，依据菌体抗原之不同，1992年前已报告有01、02…0138等138群，过去一直认为只有01群霍乱弧菌即古典型霍乱弧菌与埃尔托霍乱弧菌才能引起霍乱流行，非01群霍乱弧菌或称不凝集弧菌（NAG）即自02群霍乱弧菌到0138群霍乱弧菌，它们广泛分布于自然界水体中，大多不引起人类疾病或仅引起散发性肠炎与肠行，但1992～1993年在印度与盂加拉国却新发现一种非O1群霍乱弧菌引起的霍乱样腹泻病的大流行，其临床表现及流行特征与01群霍乱弧菌引起的霍乱基本相同。据实验室检测，此菌既不与01群霍乱多价抗血清，也不与霍乱单克隆抗体A、B、C因子发生凝集，但能产生与01群霍乱弧菌相同的肠毒素，其产生肠毒素的量亦与01群流行株相当（10～80ng／ml或更多）。进行家兔肠襻试验时，亦可产生典型的肠液积聚，这种新弧菌当时在盂加拉一带已取代了原来流行的埃尔托霍乱弧菌，又因它也不与02～0138群霍乱弧菌菌体“O”抗原发生凝集，是一种新的弧菌，因而命名为0139群霍乱弧菌。又因最早发现于孟加拉湾，又名盂加拉菌。现在认为能造成霍乱流行的病原菌除01群外又新增了0139群霍乱弧菌，世界卫生组织要求世界各国将O139群霍乱弧菌引起的腹泻列入霍乱病例报告，防治措施也可仿效01群霍乱进行。
