SNARE假说是JamesRothman和他的同事根据对动物细胞融合研究的发现提出的。,提出有关小泡寻靶的SNARE假说(SNAREhypothesis)。他们发现动物细胞融合需要一种可溶性的细胞质蛋白,叫做N-乙基马来酰亚胺敏感的融合蛋白(N-ethylmaleimide-sensitivefusion

　　protein,NSF)以及其它几种可溶性的NSF附着蛋白(solubleNSFattachmentprotein,SNAPs)。NSF是一种四聚体，四个亚基都相同。SNAPs有α-、β-和γ-SNAPs等。由于NSF/SNAPs能够介导不同类型小泡的融合,说明它没有特异性。据此Rothman等提出一种假设:膜融合的特异性是由另外的膜蛋白提供的，把这种蛋白称为SNAP受体蛋白(SNAPreceptors)，或称为SNAREs，这种蛋白可以作为膜融合时SNAPs的附着点。按照Rothman的SNARE假说，每一种运输小泡都有一个特殊的V-SNARE(vesicle-SNAPreceptor)标志，能够同适当的靶膜上的T-SNARE(target-SNAPreceptor)标志相互作用。一种运输小泡在没有找到合适的靶位点之前有可能同几种不同的膜位点进行过暂时性地接触，这种接触是不稳定的，只有找到真正的靶位点才会形成稳定的结构。也就是说,不同的小泡上具有不同的V-SNARE,它能识别靶膜上特异的T-SNARE并与之结合,以此保证运输小泡到达正确的目的地。存在于小泡膜上的V-SNAREs是在外被体外被形成时共包装到转运小泡上的，它同靶位点膜上的T-SNAREs蛋白的结合决定了转运小泡的选择性地停靠。