整个过程相当复杂，首先要合成与核糖体装配有关的蛋白质，这些蛋白质包括核糖体结构蛋白和与前体rRNA加工有关的酶。它们都是在细胞质的游离核糖体上合成，然后迅速集中到细胞核并在核仁区参与核糖体亚基的装配。而组成核糖体亚基的18SrRNA、5.8SrRNA和28SrRNA基因则是在核仁中边转录边参与核糖体亚基的装配，5SrRNA却是在细胞核中转录后运送到核仁中参与核糖体亚基的装配。装配过程中，45SRNA、5SRNA同蛋白质形成80SRNA颗粒，然后80S颗粒被降解成大小两个颗粒，大颗粒为55S，含有32S和5S两种RNA，小颗粒含有20S的前体rRNA。然后，小颗粒中的20SRNA前体被快速降解成18S的rRNA，并运送到细胞质中，即是成熟的核糖体小亚基。55S大颗粒中的32SRNA被加工形成28S和5.8S两种rRNA成为成熟的大亚基后，被运送到细胞质中，这个过程比较慢。如果这时有mRNA同小亚基结合的话，大亚基即可结合上去形成完整的核糖体，并进行蛋白质的合成。