（一）内膜：
（1）细胞凋亡：线粒体作为起始的主开关，可以开启内膜上的非特异性通道-线粒体通透性转变孔（mitochondrialpermeabilitytransitionpore，mtPTP）。
（2）电子传递和氧化磷酸化：电子传递链和氧化磷酸化的酶存在于内膜中。
（二）基质：
（1）三羧酸循环：参与三羧酸循环、脂肪酸氧化和丙酮酸氧化的酶存在于线粒体基质中。
（2）储积钙离子：基质中的致密颗粒状物质与储积Ca2+有关。
（3）细胞凋亡：在线粒体膜间隙中鉴定出了多种死亡促进因子，包括细胞色素c、凋亡诱导因子和被称为切冬酶的潜伏蛋白酶。
