目前，已知仅约13种线粒体蛋白质亚基是由线粒体DNA所编码，在线粒体核糖体上合成，绝大多数线粒体蛋白质还是由细胞核DNA编码，在细胞质核糖体上合成后再转运到线粒体的，线粒体的核糖体蛋白、氨酰-tRNA合成酶及许多结构蛋白，都是核基因编码，在细胞质中合成后定向转运到线粒体的，由此可见，线粒体的自我繁殖及一系列功能活动，都将依赖于细胞核的遗传体系，这是它非自主的一面，故将线粒体称为半自主性细胞器。