①.细胞内消化：在高等动物细胞中，一些大分子物质通过内吞作用进入细胞，如内吞低密脂蛋白获得胆固醇；在单细胞真核生物中，溶酶体的消化作用就更为重要了。

　　②.细胞凋亡：溶酶体可清除，凋亡细胞形成的凋亡小体

　　③.自体吞噬：清除细胞中无用的生物大分子，衰老的细胞器等。

　　④.防御作用：如巨噬细胞可吞入病原体，在溶酶体中将病原体杀死和降解。

　　⑤.参与分泌过程的调节，如将甲状腺球蛋白降解成有活性的甲状腺素。

　　⑥.形成精子的顶体。