虽然线粒体也是细胞的Ca2+库,线粒体膜上也有Ca2+转运蛋白并能将细胞质中的Ca2+转运到线粒体基质。但是,线粒体Ca2+运输蛋白与Ca2+的亲和力很低,常在5～10μmol/L时才能显示出对Ca2+的运输能力,所以在终止细胞中Ca2+的信号作用方面,线粒体只是起辅助作用,因为只有在细胞内的Ca2+浓度很高时，线粒体膜的Ca2+转运蛋白才起作用。