特点：真核生物染色体的基本结构蛋白，富含带正电荷的Arg和Lys等碱性氨基酸，属碱性蛋白质，可以和酸性的DNA紧密结合（非特异性结合）；没有种属及组织特异性，在进化上十分保守。可分为两类：一类是高度保守的核心小体组蛋白包括H2A、H2B、H3、H4四种；另一类是可变的连接组蛋白即H1组蛋白。
意义：核小体组蛋白的结构是非常保守，特别是H4。核心组蛋白高度保守的原因可能有两个：其一是核小体组蛋白中绝大多数氨基酸都与DNA或其它组蛋白相互作用，可置换而不引起致命变异的氨基酸残基很少；其二是在所有的生物中与组蛋白相互作用的DNA磷酸二脂骨架都是一样的。四种核小体组蛋白通过C端疏水的氨基酸相互结合，N端带正电荷的氨基酸向外伸出，与DNA分子结合，使DNA分子缠绕在组蛋白核心周围，形成核小体。尾部含有大量赖氨酸和精氨酸残基，为组蛋白翻译后进行修饰的部位，如乙酰化、甲基化、磷酸化等。
H1不仅具有属特异性，而且还有组织特异性，所以H1是多样性的。
