近年来推广的杂交水稻，空秕粒率较高，其主要原因是杂交水稻本身存在的生理弱点造成的，主要有以下几点：
一是后期光合效率偏低，导致空秕率较高。研究表明，杂交水稻除分蘖期外，幼穗分化期、孕穗期和乳熟期的光合效率均低于常规稻。前期光合优势导致分化大穗，而后期光合劣势引起灌浆物质不足，致使空秕粒率比常规稻高。
二是对温度变幅的适应性较窄，易导致高温或低温危害。目前我国推广的杂交稻，其父本多来自东南亚，对温度反应敏感。杂交水稻的生物学起点温度较常规稻高1～2摄氏度，在日平均温度低于23摄氏度抽穗，空壳率大幅度增加，包颈现象严重，而日均温度高于35摄氏度时抽穗，空壳率也会增加。
三是抗病虫能力较差。目前推广的一些杂交水稻组合，对主要的病虫抗性较差，加上杂交稻枝叶繁茂，叶色浓绿，灌浆结实时间较长，易受病虫危害。杂交稻稀播少插，在相同的虫口密度条件下，其单株承受的虫口数量是常规稻的3～4倍，如防治不及时，病虫危害比常规稻更严重。
如何提高杂交水稻结实率？目前在生产上常采用的措施是：
培育多蘖壮秧。杂交水稻的稻株各部分器官的形成，都需经历一个分化发育的过程，特别是早、晚稻，其营养生长期约有1／2～3／4的时间是在秧田期度过的，培育适龄壮秧，是高产的关键。水稻移栽后的大田生育期愈短，壮秧的作用愈突出。
适龄少插，合理密植。目前推广的杂交水稻，其感光性和基本营养生长性属中等，秧龄弹性小。适龄插秧可防止秧苗老化，充分发挥分蘖优势，实现高产。杂交稻穗大粒多，分蘖能力强，分蘖成穗所占的比例大，插植密度较常规稻稀，基本苗比常规稻少。但是应在保正一定基本苗的基础上，实行小蔸匀植，争取一定的穗数，使穗、粒、重三者协调发展。
合理施肥。增加磷、钾肥，前期以促为主，中期适当控制，后期补施粒肥。
合理灌溉。一般插后深水护苗，分蘖期坚持浅水勤灌，分蘖末期适时晒田，但不宜重晒，以轻晒长露为宜，后期短期保水，一般采用干湿灌溉，成熟期断水不宜过早，防止早衰，增加粒重。