机插育秧苗期管理是关键培育适合机插的健壮秧苗，是推广水稻机械化插秧成败的关键。“秧好半熟稻，苗好产量高”，秧苗素质的好坏，对水稻生育后期的穗数、粒数和粒重起着重要作用。机械化插秧对秧苗的基本要求是总体均衡、个体健壮，要求“一板秧苗无高低，一把秧苗无粗细”。
高温高湿促齐苗
经催芽的稻种，播后需经一段高温高湿立苗期，才能保证出苗整齐，因此应根据育秧方式和茬口的不同，采取相应的增温保湿措施，确保安全齐苗。同时，秧田要开好平水缺，避免降雨淹没秧床，造成焖种烂芽。
封膜盖草立苗。封膜盖草立苗适于气温较高时的麦茬稻育秧。包括双膜育秧、软盘手播及机播直接脱盘3种类型。立苗期要注意两点：一是把握盖草厚度，薄厚均匀，避免晴天中午高温烧苗。二是雨后及时清除盖膜上的积水，以免造成膜面积水，加之覆盖的稻草淋湿加重，局部受压“贴膏药”，造成焖种烂芽，影响全苗。
拱棚立苗。拱棚立苗适于气温较低时的早春育秧和倒春寒多发地区，此法立苗在幼芽顶出土面后，晴天中午棚内地表温度要控制在35摄氏度以下，以防高温灼伤幼苗。
播种到出苗期一般为棚膜密封阶段，以保温保湿为主，只有当膜内温度超过35摄氏度时才于中午揭开苗床两头通风降温，随后及时封盖。此间若床土发白、秧苗卷叶时应灌“跑马水”保湿。
及时炼苗
揭膜炼苗。盖膜时间不宣过长，揭膜时间因当时气温而定，一般在秧苗出土2厘米左右、不完全叶至第1叶抽出时（插后3～5天）揭膜炼苗。若覆盖时间过长，遇烈日高温容易灼伤幼苗。揭膜原则：晴天傍晚揭，阴天上午揭，小雨雨前揭，大雨雨后揭。若遇寒流低温，宜推迟揭膜，并做到日揭夜盖。
拱棚秧的炼苗。秧苗现青后，视气温情况确定拆棚时间。当最低气温稳定在15摄氏度以上时方可拆棚，否则可采用日揭夜盖法进行管理，并保持盘土（或床土）湿润。
科学管水
湿润管理。即采取间歇灌溉的方式，做到以湿为主，达到以水调气，以水调肥，以水调温，以水护苗的目的。
操作要点：揭膜时灌平沟水，自然落干后再上水，如此反复。晴天中午若秧苗出现卷叶要灌薄水护苗，雨天放干秧沟水；早春茬秧遇到较强冷空气侵袭，要灌拦腰水护苗，回暖后待气温稳定再换水保苗，防止低温伤根和温差变化过大造成烂秧和死苗；气温正常后及时排水透气，提高秧苗根系活力。移栽前3～5天控水炼苗。
控水管理。与常规肥床旱育秧管水技术基本相似，即揭膜时灌一次足水（平沟水），涸透床土后排放（也可采用喷洒补水）。同时清理秧沟，保持水系畅通，确保雨天秧田无积水，防止旱秧淹水，失去旱育优势。此后若秧苗中午出现卷叶，可在傍晚或次日清晨人工喷洒水一次，使土壤湿润即可。不卷叶不补水。补水的水质要清洁，否则易造成死苗。
用好“断奶肥”
断奶肥的施用根据床土肥力、秧龄和气温等具体情况因地制宜地进行，一般在一叶一心期（播后7～8天）施用。每亩秧池田用腐熟的粪清500公斤对水1000公斤或用尿素5公斤（约合每盘用尿素2克）对水500公斤，于傍晚秧苗叶片吐永时浇施。床土肥沃的也可不施，麦茬田为防止秧苗过高，施肥量可适当减少。
应对苗期倒春寒
深水护苗，以水调温，以水调气。遇低温寒潮，灌深水至秧叉处护苗，注意不要淹没秧心。寒潮过后若天气突然放晴，切勿立即退水晒田，以免造成青枯烂秧死苗。倒春寒的主要危险就在于天气突然放晴气温骤然回升，造成秧苗生理脱水，深水层可以缓解苗床温度剧烈变化。
及时泼浇敌克松。低温来临前或寒潮过后，每亩秧田可用100～150克敌克松对成1000倍液泼浇，防止烂秧死苗。长时间阴雨低温过后应及时喷施壮秧宝防治立枯病发生。
拱棚防冻。如遇降温幅度大时间长，有条件的可结合前两条措施，搭建拱棚保温防冻。
忌过早追肥。低温过后，秧苗抗逆能力较差，若过早施用化肥，对生长微弱的秧苗来说等于雪上加霜，加速了烂秧死苗。因此，应在低温过后3～4天再开展追肥。