种植大豆多年的地块中，田间土壤中会存在相当数量的根瘤菌（一般每克土含根瘤菌104～105个），但多数是低效或是无效根瘤菌株。另一方面，随着大豆品种更新速度的加快，土壤中与新品种匹配的根瘤菌的比例在下降。这两个因素均会导致根瘤固氮效果下降。因此，多年种植大豆的地块，使用根瘤菌剂仍非常必要。