1、播种质量问题，由于地表不平整、覆盖物分布不均等原因，在可能出现播种深浅不一，种子分布不均，甚至缺苗断垄等问题。必须注意从改进播种机性能，改善地表状态两方面来解决。

2、杂草控制问题，翻耕有翻埋杂草作用，保护性耕作相对来说失去了一项控制杂草的手段，其次受秸秆遮盖，药液不易直接喷到杂草上，对杀草效果会有一定影响。

3、明确主要矛盾，因地制宜制定工艺，如冷凉风沙区，保护性耕作重点在控制沙尘暴和农田沙漠化，减少地表破坏是主要矛盾，不能采用旋耕等作业方法。