针对化肥施用过程中可能出现的问题，合理地配施有机肥是非常重要的。

　　（1）在提高化肥的肥效方面。过磷酸钙、微量元素等肥料，施入土壤中后会被土壤固定而失效。和有机肥混合后施用，可以减少与土壤的接触面或被有机肥吸收保蓄，减少流失，提高肥效。

　　（2）在消除化肥施用可能产生的不良影响方面。化肥本身都是化学上的盐。在单独施用较大量的化肥或化肥施用不均时，土壤溶液浓度高，影响作物吸水，甚至会发生烧种、烧根或烧苗的情况。如果与有机肥混合施用，就不会发生这样的问题。另外，长期偏施生理酸性肥料，土壤中会产生过多的活性铁、铝，毒害作物。如果配施有机肥，可以增加土壤的缓冲性能，防止土壤酸化。有的过磷酸钙含游离酸过多，作为种肥时会影响种子发芽和幼苗生长，必须与有机肥混施，以中和游离酸，减少对种、苗的危害。

　　（3）在均衡营养元素的供给方面。粮食作物在成熟阶段，仍需要一定数量的氮素供应，但要求氮素释放的速度缓慢，而且禾谷类作物成熟阶段需要同时提供硝态氮和铵态氮，有机肥可以做到这一点。将有机肥与化肥配合，优缺点互补，缓急相济，能够有效地促进作物生长。

　　（4）化肥与有机肥混合施用时注意避免的问题。化肥与有机肥不可以任意混用，混合不当，会造成肥分损失，降低肥料的有效性。如硝酸盐与未腐熟的堆肥、厩肥或新鲜秸秆堆制，由于反硝化作用，易引起氮素损失。氮肥与新鲜秸秆类肥料混合施用，会因微生物大量繁殖，将氮素吸收固定起来而延缓氮的供应。碱性肥料与腐熟的有机肥混合施用，会使有机肥中的铵态氮分解，产生氨气而挥发损失。