未经腐熟粪便类有机肥中，携带有大量的致病微生物和寄生性蛔虫卵，施入农田后，一部分附着在作物上造成直接污染，一部分进入土壤造成间接污染。另外，未经腐熟的粪便类有机肥施入土壤后，要经过发酵后才能被作物吸收选用，一方面产生高温造成烧苗现象，别一方面还会释放氨气，使植株生长不良，因此，在施用粪便类有机肥时一定要充分腐熟。