黎溪镇建制于洪武二年即1396年，属英德县怀义都黎溪图，因辖区内北江纵贯南北，河西岸叫黎洞，河东岸叫铁溪，两地名各取一字而得名。光绪十二年，即1886年，属英德县含属总局黎溪分局。

民国时期先后属英德县第四、第一区黎溪乡。

1949年10月至1950年属英中区黎溪乡。

1958年改称跃进人民公社黎溪耕作区。

1960年改为黎溪人民公社。

1987年4月改称镇。

1995年9月8日飞来峡区成立，成为该区下辖的四个镇之一。2001年12月1日归回英德市管辖。