黄岗乡历史上称黄岗口，因其地处黄岗洞口而得名。从宋至清属新昌县广贤乡，黄岗巡检司设此。

民国十九年（1930）乡境属第三区，以后改属第二区，民国二十八年（1939）设黄岗乡（包括今车上乡在内），辖10保。建国后，乡境设有黄岗、坳溪、将侯、潮溪4乡。

1956年将上述4乡与当时属洞上乡的黄檗、下坪合并为黄岗乡。

1958年成立黄岗人民公社，又是黄岗山垦殖场的分场，实行场社合一，下设生产大队、生产队。

1960年4月港口分场未并。9月析出港口分场，隶属由黄岗山垦殖场改属石花尖垦殖场，下辖15个生产大队。

1968年与石花尖垦殖场脱钩，1983年公社复名乡。2005年，全乡辖9个村委会，182个自然村，90个村民小组，2225户10197人口，有苗族、壮族、侗族、瑶族4个少数民族。