清雍正年间（1728年）建场老场坝，嘉庆年间（1796年）迁入别口沱。光绪年间为白盐乡，后改别盐乡，民国年间又改为佛盐乡，后据乡设别口沱而更名。

1953年建别口乡，1954年1月由合川县划入潼南县。

1958年改公社，1984年复置乡。

1997年，面积30.7平方千米，人口1.3万，辖金仙、王湾、高岩、杨坝、飞凤、山坝、科郎、官斗、花坡9个行政村。2006年区划调整后，别口乡管辖原别口乡及原龙项乡花院村、老君村所属行政区域，面积41.34平方千米，乡政府驻别口沱（原址）。2011年撤乡设镇。