今普兰店区境在战国时期属燕国辽东郡。秦因燕制。

公元前107年，定治于西汉的沓氏县（在今铁西办事处）建立。

公元190年属新置的平州辽东郡。

公元238～274年（西晋时期）仍属辽东郡。

公元404年（西晋末年）被高句丽割据。

公元668年（唐代）区境为安东都护府所辖。

公元919年（辽神册四年）置扶州、苏州，区境分属二州。

金末分属复州、金州。元代分属金、复州万户府。

明代分属金州卫、复州卫。

清代分属复州、宁海县（1843年后改为金州厅）。

1898年3月沙俄强迫清政府签订《旅大租地条约》，同年5月签订《续订旅大租地条约》占据旅大。

1899年8月沙皇敕令实行“关东州”官制，设貔子窝（今皮口镇）等4市5区。

1905年俄日签订《朴茨茅斯和约》，沙俄将其旅大租借权转让给日本。日军占领金州，置金州军政署，下设貔子窝、普兰店、亮甲店等5个管区。

1908年普兰店管区改为出张所，隶属金州民政支署，

1919年关东都督府改为关东厅，

1930年，金、普民政支署升格为民政署。

1934年设关东局，下设关东州厅，并实行会制，今区南部设貔子窝民政署、普兰店民政署，下设38个会。

1931年日本帝国主义发动“九.一八”事变，侵占了东北三省，将辽宁省改为奉天省，辖复县（今瓦房店市）。伪满洲国成立，今市境北部属伪满洲国之复县。

1936年伪满洲国实行街村制，被复县辖制的有复东、田家等16个村全部和复东镇的大部、天台村的小部分。

1945年“八·一五”日本宣布无条件投降，中国人民八年的抗战取得全面胜利。

1945年9月初，中共胶东区委根据中央指示精神，决定将日伪统治时期设置的貔子窝、普兰店民政署所辖38个会地域建置新金县。

1945年9月25日，中国共产党领导下的新金县政府在貔子窝宣告成立。

1945年11月17日中共新金县委成立。

1958年11月经中共辽宁省委、省政府批复，新金县政府从貔子窝镇迁到普兰店镇，县直机关从15日起正式办公。

1991年11月30日，经国务院批准，撤销新金县，设立普兰店市（县级）。

1992年2月28日召开普兰店市成立大会。

2010年5月大连市启动新市区管理体制，将普兰店市丰荣街道、南山街道、太平街道、铁西街道划入大连市新市区。

2013年1月经辽宁省人民政府同意根据《辽宁省人民政府关于调整大连市部分行政区划的批复》（辽政发〔2012〕169号）要求将普兰店市元台镇、瓦窝镇正式划归瓦房店市管辖。

2014年6月23日，《国务院关于同意设立大连金普新区的批复》（国函〔2014〕76号）决定，同意设立国家级新区：金普新区。金普新区位于大连市中南部，包括金州区全部行政区和普兰店区部分地区总面积约2,299平方公里。

2015年10月13日，经国务院批准，撤销普兰店市，设立普兰店区。

2016年1月31日，普兰店举行了隆重的撤市设区成立大会。为加快金普新区城市建设，经辽宁省人民政府同意将普兰店区石河、三十里堡、炮台、复州湾四个街道划归金州区管辖。