苏克雷城原为印第安人村落，名为丘基萨卡。1538年建城。15

59年，西班牙殖民者在这里设立了美洲殖民地司法最高机关——大审问院。1624年，耶稣会在这里创建了美洲最早的大学—圣佛朗西斯科·哈比埃尔大学。这所大学现今是拥有一万多名学生的玻利维亚全国高等教育中心。1809年5月25日在此爆发南美洲反对西班牙统治的第一次起义，并在1825年8月6日宣布玻利维亚独立。苏克雷城是用玻利维亚第一任总统苏克雷的名字命名的。苏克雷作为南美解放者玻利瓦尔的助手，为玻利维亚的独立起到了决定性的作用。由于功勋卓著，苏克雷被选为玻利维亚的第一任总统。1839年，苏克雷城成为玻利维亚的首都，翌年以第一任总统苏克雷之名命名。1898年成为法定首都（议会、政府设在拉巴斯）。