裴圩始建于明末清初。裴圩土地原来是洪泽湖的一部分，因黄河决口，洪水以排山倒海之势，直泻湖内，随水而下的泥沙聚集成滩，逃荒的人陆续到此居住，称其为“兴滩湖”。在抗日战争和解放战争时期，裴圩镇是泗阳县民主政府所在地。新中国成立后，黄圩区公署也设在这里。后体制多变，区、社、乡并分频繁，1983年撤社划乡，建立了裴圩乡、黄圩乡。

2000年，裴圩乡、黄圩乡、良种场三乡镇场合并，成立现在的裴圩镇。

原裴圩乡称刘圩，清光绪元年(1875年)，由刘瑞堂筑圩得名。光绪七年，刘姓将土地房产卖给裴峻峰，遂更名裴圩。

原黄圩乡总面积38.65平方公里，位于泗阳县境东南角，东接淮阴，南临洪泽湖，为宿迁市最东南的乡镇。距县城36公里，离南京200公里，水陆交通便利。全乡总面积38．65平方公里，其中耕地约2．55万亩，辖黄圩、圩东、黄东、南蒋庄、徐高、砂嘴、颜陈、启明、石湖、新四、后陈、东沙、西沙等13个行政村，人口约3万。

黄圩古为破釜塘之滩，是通往淮阴（现淮安市淮阴区）及洪泽湖岸诸县之要地，向为兵家、匪盗必争之地，历遭兵燹匪乱，尤其自宋金以后，黄河南徙，清口以下夺淮．淮泗一带。为患乃不可活”，故自清朝以前，黄圩境内几无人烟。清咸丰十一年，黄伯高在此筑圩，得名黄圩。

原黄圩乡民祖先多为外县迁入，尤以宿迁居多。他们友好相处，辛勤耕耘，使一片湖滩变为良田。

1942年至1945年，盘踞在淮阴、众兴的日军曾几次窜至黄圩一带，烧杀抢掠，犯下滔天罪行。特别是1944年1月，日伪军从陶圩开始火烧淮泗南乡80里，黄圩等5个集镇被焚毁。解放战争时期，黄圩乡地方组织配合人民解放军同国民党反动派进行了一次又一次的斗争，涌现出薛胜保、周才之、袁如发、蒋理等一批为革命抛头颅、洒热血的烈士。

民国9年(1920年)，美国人戴德明在黄圩建耶稣堂1所。

1913年，黄永昌在黄圩创办第三初级小学校，开始有了教育机构。鼎盛时期全乡有1所初级中学，1所成人教育中心学校、1所中心小学和十几所村级小学。该乡文化活动开展较好，1989年、1994年，黄圩乡被省、市授予文化先进乡称号。在抗日战争时期黄圩是抗日政权淮泗县县政府所在地。

2000年黄圩乡与裴圩乡、良种场两乡一场合并为裴圩镇，黄圩乡撤销。原黄圩片区因此发展停滞不前，基础设施落后，并逐渐被原裴圩乡超越。