“早期智人化石”，距今约10万年，称作“昭通人”，填补了云南省猿人阶段到晚期智人阶段之间的空白，说明昭通市是人类起源和发展的重要地区之一。大约距今一万年左右至距今四千年的约六千年时间里，居住在这里的先民们已广泛使用磨制石器，并懂得了制陶、纺织、农业和放牧等技术，开始了邑居和定居生活。西周末至春秋初期时的杜宇部落，入蜀，“教民务农”，带去了先进的农耕文明，得到了蜀民的拥戴，当了蜀王，号“望帝”。
公元前250年，秦孝文王以蜀郡太守李冰开凿焚道。
公元前221年秦始皇统一全国后，为了进一步经略云南，派常颔将李冰开凿的焚道延伸至建宁（今曲靖），史称“五尺道”。中原文化的南渐，今昭通地处“五尺道”枢纽，得风气之先，是云南最早、最充分接受中原文化影响的地区。
公元前135年（西汉武帝建元六年），汉武帝改变汉初“闭蜀故徼”的封闭政策，重开“南夷道”，在西南夷地区设置郡县，扩大中原与西南边远地区的经济文化交流。西汉王朝在今昭通市设朱提县（郡），昭通首次被纳入中央政权的管理之下。
自西汉建元六年至唐天宝年间，今昭通以“朱提”冠名，或为县治，或为郡治，或为犍为南部、犍为属国都尉治所，前后达800余年。
唐宋时期，南诏、大理两个地方政权先后称雄于云南地区，昭通既与中原文化疏离，也未能充分接受南诏、大理文化的影响。
元置乌蒙路。明代置乌蒙府。清雍正九年在完成改土归流后，改乌蒙为昭通。上溯唐、宋两代行羁縻之治时中断中央政权建置的近五百年，今昭通称“乌蒙”（阿猛）前后千余年。土司制度的形成和逐渐完备，因用兵、屯田、民族迁徙而形成的土著文化、移民文化、民族文化的存在和发展同样值得关注，同样是昭通历史文化资源中极为宝贵的财富。
清初袭明制，称镇雄土府，属四川省。清雍正五年（1727年）实行改土归流，“诏改乌蒙府为昭通府”。雍正六年（1728）2月，乌蒙土府改土归流，是为乌蒙府，移治于土府（窦地甸）东二十里地，于米贴地方置永善县，大关屯地方置大关厅，改镇雄府为散州划归乌蒙府。
雍正八年（1730）7月，乌蒙府更名为昭通府，并置恩安县为府之附郭。弃天梯（今土城）新建城于二木那（今昭通市城）。同年，昭通府属迤东道（治曲靖府）。
雍正九年（1731）置鲁甸厅属昭通府；盐井渡设巡检司，属昭通府大关厅。光绪三十四年（1908）10月于永善县之富官村置靖江县来属；升镇雄州为直隶州。至
，昭通府辖大关、鲁甸2厅；恩安（附郭）、永善、靖江3县。
民国元年（1912）沿
旧制。
民国2年（1913）4月，云南都督府裁府设道，撤销昭通府，将原昭通府驻地恩安县改名为昭通县；鲁甸厅、大关厅、巧家厅、镇雄直隶州改设为鲁甸县、大关县、巧家县、镇雄县；镇雄州彝良州同辖地置彝良县。
民国3年（1914）1月，靖江县因与江苏省辖县重名，改名为绥江县。
民国6年（1917）1月，从大关县盐井渡地方析置盐津县；同年，由镇雄县析置威信行政区。昭通、鲁甸、巧家、永善、大关、靖江、镇雄、彝良县和威信行政公署均属滇中道。
民国18年（1929）撤滇中道，各县直属省管。
民国21年（1932）威信行政公署改为设治局，民国23年（1934）9月，成立威信县。
民国31年（1942）3月，设云南省第一行政督察区，驻昭通县，辖昭通、永善、绥江、盐津、大关、彝良、镇雄、威信、鲁甸、巧家县共10县。
1950年设昭通专区，专署驻昭通县。辖昭通、大关、绥江（驻中城镇）、盐津、威信（驻扎西镇）、镇雄、彝良、鲁甸（驻文屏镇）、会泽、巧家、永善等11县。
1960年9月13日，撤销盐津县，将原盐津县的行政区域并归大关县（1959年撤并）。
1960年9月13日撤销鲁甸县，将原鲁甸县的行政区域并归昭通县（1958年11月撤并）。昭通专区辖9县。
1962年3月27日，恢复盐津县，以合并于大关县的原盐津县行政区域为盐津县的行政区域（1961年4月28日分治），大关原辖豆沙、柿子划入盐津县。昭通专区辖10县。
1963年9月14日恢复鲁甸县。以合并于昭通县的原鲁甸县除马路、苏甲、水屯、酒房四个人民公社以外的行政区域及昭通县永丰区的祖家包包、马鞍山、板板房、陈家湾、马家院子、杨家台子、龙家台子7个村为鲁甸县行政区域。昭通专区辖11县。
1964年6月15日昭通专区的会泽县划归曲靖专区。昭通地区辖10县。
1970年改昭通专区为昭通地区，地区驻昭通县。辖昭通、绥江（驻中城镇）、永善（驻景新镇）、盐津、大关、威信（驻扎西镇）、彝良（驻角奎镇）、镇雄、鲁甸（驻文屏镇）、巧家等10县。
1981年1月18日，设立昭通市，以昭通县的部分地区为其行政区域，属昭通地区。
1981年8月14日，国务院批复：设立水富县。以（绥江县）水富区的安富、水东、水河3个公社，绥江县的太平公社和会仪公社的新安、新寿两个大队，以及与水富区相邻的盐津县的两碗公社，划归水富县管辖。县人民政府驻云富公社。水富县由昭通地区行署领导。昭通地区辖1个县级市、11个县。
1983年9月9日，撤销昭通县，将昭通县的行政区域并入昭通市。昭通地区辖1个县级市、10个县。
1984年恢复区乡建制，废公社为区。
1987年区乡体制改革废区为乡。
2001年1月13日，撤销昭通地区和县级昭通市，设立地级昭通市。昭通市设立昭阳区，以原县级昭通市的行政区域为昭阳区的行政区域。
