龙门港镇历史悠久，先秦时期，龙门港镇属百越之地，秦始皇统一中国后，龙门港镇归属象郡所辖。汉朝至晋朝，龙门港镇属交州合浦郡，南朝末元嘉设末寿郡，梁代设安州。

唐武德五年改宁越郡为钦州总管府，元改为钦州路。明至

，先后属安远县、钦州、钦县、钦州、钦州直隶州地。

民国时期置龙门乡。

中华人民共和国成立后仍置龙门乡，1958年并入钦州大公社，1959年6月分设龙门公社，1984年9月复为乡。

1994年6月28日，经国务院批准，撤销钦州地区，设立地级钦州市，钦州市分钦南区和钦北区，龙门港镇属钦南区。