清朝嘉庆元年（1796年），才开始修筑芙蓉沙小围，在此之前板芙西部均为海域，尚未形成陆地。此后板芙东西两部均属不同地区。

中华人民共和国成立后，于1965年1月撤销深湾人民公社，分别成立板芙人民公社和神湾人民公社。

1965年板芙镇（原板芙人民公社）正式独立建制。辖管庙滘、板尾、四联、禄围、寿围、广福、深湾、金钟、湖洲9个大队。

1983年11月，板芙人民公社改为板芙区。

1986年12月，板芙区改为板芙镇。

2001年至今，板芙镇辖板芙、板尾、四联、禄围、广福、金钟、里溪、深湾、白溪、湖洲10个村民委员会和1个板芙社区居民委员会。