据《香山县志》记载，1542年香山东北部形成冲积平原，东海十六沙（沙洲）浮出水面形成陆地，其中的坡头沙就是现在的南头，地属黄旗都。

清光绪初年（1880年）改都为镇，黄旗都仍沿旧称。

清宣统二年（1910年）改镇为区，南头地属黄旗都改为第九区。

民国十九年（1930年）5月，第九区改为东海区，南头属东海区。

民国二十年（1931年）9月，中山县东海区改为第九区，南头属第九区坡头孖沙乡。

民国三十年（1946年）9月，中山县撤销区建制，改设为67个乡镇，南头属文明乡之坡头孖沙。

1949年冬，中华人民共和国时期，南头属第九区文明乡（辖12个村）。

1953年6月，南头属第七区，驻团结乡，辖乡12个。

1954年4月，东凤、复合称南头公社。

1955年8月，设置南头区，驻团结乡，辖乡12个，行政村39个。

1957年2月，设置南头乡，驻团结村，辖行政村3个。

1957年2月改称南头乡并分出东凤乡。

1958年8月—10月改为南头公社后归并小榄公社称为南头耕作区，辖生产营3个。

1961年8月中山县恢复区建制，改为南头区驻团结，辖公社3个，生产大队43个，其中南头公社辖生产大队11个。

1967年12月，复称南头公社，驻东凤圩，辖生产大队20个，生产队225个。

1974年1月，南头公社析出东凤公社，驻南头圩，辖9个生产大队，114个生产队。南头圩及7个生产大队：民安、团民（南头、汲水）、合生（华光）、结合（北帝、穗西）、滘心、红星（将军）、新风（低沙）。

1976年12月，南头公社辖圩1个：南头圩；生产大队9个：南头、汲水、民安、合生（华光）、结合（北帝）、穗西、滘心、将军、低沙。

1981年，南头公社，驻南头圩，10个自然村，辖1圩，9个生产大队、生产队117个。

1984年2月，中山县改为中山市，南头复称南头区，驻南头圩，辖乡9个。

1986年12月，南头改称南头镇，驻南和东路，辖居委会1个，9个村。

1990年12月，各村设管理区；南头镇辖1社区、9个管理区，辖9个村。南头社区、南头、汲水、民安、北帝、穗西、华光、滘心、将军、低沙。

1991年，南头镇辖1社区，设10个管理区，辖10个村；1991年孖沙管理区、村入南头镇。

1998年撤销管理区。

2001年11月，10个村合并为6个村；穗西与孖沙合并称为穗西村，孖沙村包括4个自然村：穗隆围（村）、穗头围（村）、七娘庙、铺头华（九顷、上沥）。

2005年，南头镇辖1个社区，6个村。