东坑镇于南宋孝宗年间（1163—1187）始置居。

根据陈伯陶《东莞县志》“舆地略叙”，清代东莞县为五属管辖，设捕厅、戌厅、京山司、中堂司、缺口司。东坑镇地属文顺第三都，归京山司管辖。

1912年中华民国成立，东坑隶属常平管辖。

民国三十六年（1947）属第三区东安乡管辖。

中华人民共和国成立后。

1949年冬属东安乡。

1951年属东莞县新一区辖（当时东坑镇称东马乡）。

1952年改属第四区辖。

1953年5月土改复查后，成立东坑乡，属第四区管辖。辖塘唇、黄麻岭、寮边头、东门前、茶亭楼、东涌、石狗前、新围、江坑、岭目坑、岭贝塘、不松天、长安塘、中心巷、东坑市、桔园等16个村。

1957年12月26日东莞县设37个大乡，东坑为大乡，辖东坑、马坑、草塘、美田（原属常平区）4个小乡。

1958年成立人民公社，同年10月1日，录属常平公社。

1959年改属横沥公社。

1961年7月1日，从横沥公社分山成立东坑人民公社，辖一个镇居民委员会，14个大队管理委员会。

1963年12月撤区并社，东坑公社辖12个大队119个生产队。

1964年7 月1日东坑公社辖乐坑、长安塘、黄麻岭、寮边头、塘江、坑美、新门楼、井美、新坑、凤大、马坑、角社12个大队。

1982年7月1日，东坑公社辖东坑、黄麻岭、长安塘、寮边头、新门楼、塔岗、坑美、井美、新塘、凤大、丁屋、彭屋、黄屋、角社等14个大队和东坑临时居委会。

1983年改社为区，成立东坑区公所。

1984年大队管理委员会改为乡人民政府，辖一个区人民政府，14个乡人民政府，102个生产队。

1987年4月撒区设镇，同年10月乡人民政府改为管理区，生产队改为村民委员会（50个）。

1998年下半年撤区设村，1999年管理区改为村民委员会，村民委员会更名为村民小组（50个）。

2005年，东坑镇辖14个村和1个社区。