宝清县属太古层地质，早在旧石器时代晚期就有人类在这里繁衍生息。

宝清县

商周时期为肃慎居地，汉晋时期易称挹娄，南北朝时期为勿吉，唐初

为黑水都督府所辖，元代为辽阳行省水达达路胡尔哈万户府管辖。明初，划归辽东都指挥使司。清初，属诺罗路窝集部，为盛京将军和宁古塔昂邦章京及其所属副都统管辖。

19世纪以来，沙俄的侵略，迫使清廷放弃封禁政策，提倡兴垦戌边，注意边疆设治。

光绪三十二年（1906年）设临江州（今同江市），宝清隶于其下。

宣统元年（1909年）临江州改为府治，宝清亦为其辖。

民国元年（1912年）宝清设分防经历。

民国三年（1914年）改为分治员，隶属临江县，发放街基，始立市井。

民国五年（1916年）宝清正式建县，隶属吉林省依兰道。

民国十八年（1929年）废道制，归吉林省直辖。

1933年1月9日，宝清沦陷，同年2月，伪宝清县公署成立。

1934年10月，宝清县划归为三江省，1939年6月又划归伪东安省，1943年10月归东满总省管辖。

1945年“八·一五”光复后，宝清一度被日伪残余势力所控制。

1946年7月2日，宝清解放，成立县民主政府，归合江省东安地区行署管辖。

1947年10月，划归牡丹江省，1948年又划归合江省所属。

1949年，合江省制撤销，宝清县划归松江省。

1954年8月，黑龙江、松江两省合并，宝清县划归黑龙江省合江地区行政专员公署管辖。

1985年1月，合江地区专员公署撤销，宝清县直属于佳木斯市。

1991年，归双鸭山市管辖。