夏时亳州属豫州。

西周初时期，神农之后的姜姓焦国迁至于此。

春秋初期，焦国被陈国所灭，此地属陈国，陈于此建焦城。公元前478年，楚国灭陈国，筑谯城。

秦时，置谯县、城父县，谯县属砀郡，城父县以及大部分地区属泗水郡。

汉时，亳州先后属豫州、沛郡、沛国。建安末年设谯郡。

魏皇初二年（221年）封谯郡为 “陪都”，与许昌、长安、洛阳、邺并称 “五都”。

西晋时，在此置谯国，谯县是治所。

北魏正始四年（507年）为南兖州治所。

北周大象元年（579年），改南兖州为亳州，治所不变，亳州之名始于此。

隋大业3年（607年）又改亳州为谯郡。

唐武德四年（621年），谯郡更名为亳州，下辖谯县（今谯城区）、山桑县（今蒙城县）、城父县（今涡阳县西北）、临涣县（今河南永城）、酂县（今河南永城）、鹿邑县（今河南鹿邑）、永城县（今河南永城）、真源县（今河南鹿邑）8县。

宋时，亳州属淮南路，金时属南京路，下辖6县5镇。

元时，亳州属归德府（今商丘），下辖6县。元至正1

5年（1355），刘福通起兵反元，拥韩林儿在亳州称帝，建 “韩宋”政权，以亳州为都城。

明朝初年，亳州一度为县，属颍州。弘治九年（1496），又升县为州。

清初，亳州属安徽布政使司直辖。1864年，清廷镇压捻军后，析谯县、蒙城县、阜阳县各一部设涡阳县。

1912年，国民政府降亳州为亳县，由省直辖。

1964年，国务院决定从阜阳、涡阳、蒙城、凤台各划出一部成立利辛县。

1986年，国务院决定撤销亳县建制，设立亳州市（县级）。

1998年，收归省直辖（副地级）。

2000年，正式设立地级亳州市，下辖涡阳、蒙城、利辛三县和谯城区。