南北朝时代的北周闵帝时，在这里设立东巴州的治所，距今已有1400多年的历史。唐高祖武德元年（618年），置集州，以难江县属之。州、县治所均在今南江镇。玄宗天宝元年（742年）改集州为符阳郡，难江县属之。郡县治所均在今南江镇。肃宗乾元元年（758年）复置集州（州治所在今南江镇），领难江（治所在今南江镇）、平桑、长池三县。明正德十一年（1516年），改准江县为南江县，治所在今南江镇。在清代中期为治城场，属崇清乡。清朝末年为一区所属的治城场。

民国初年沿用清代建制。

民国24年（1935年），属一区治城联保，为联保办事处所在地。

民国37年（1948年）设治城镇。

民国时期治城镇，幅员不到一平方公里，人口不足两千，沿河的河街为主要街道，镇内房屋陈旧，主要为“穿斗”结构瓦房，街道狭窄凹凸不平，白天行人稀疏，黑夜恶犬伤人，当时流传的顺口溜“好个南江县。走拢才看见；大堂打板子，四门都听见”是当时的真实写照。中华人民共和国成立后，1949年12月19日南江解放，1951年4月正式沿用设立治城镇到1953年。

1953年治城镇更名为城关镇，属城关区管辖，1977年直属县人民政府管辖，1983年12月，沿用近30年的城关镇正式更名为南江镇至今。

1988年以前南江镇只有文星、朝阳两个村，1988年9月又分别将小河乡的黄金村、红塔村及小河乡的槐树村一社、水洞乡的光辉一社合并为庄房村，碾盘乡石光村一、二社合并为公山村，元山村的一、二、三社、红卫村的一社合并为元山村，新调整的5个村整体划归南江镇管理，全镇共有7个村21个村民小组。为了便于管理，2001年，经县政府批准，将公山村与文星村合并为文星村，将庄房村并人黄金村，全镇有5个村，18个村民小组。2005年3月行政区划调整后，将原碾盘乡、水洞乡划归南江镇管辖，至此，南江镇所辖20个村，102个村民小组。随着城镇建设的扩展，为便于社区管理，2001年将原有水码头、回龙桥、南门口、麻柳湾4个屠委会重新界定为大堂坝、春场坝、西佛山、朝阳、南磷路、沙溪坝6个社区居委会， 2002年10月，县政府在南江煤矿的基础上成立杨家河社区并划归南江镇管理。