农安古城始建于古夫余国，两汉时曾是夫余国的都城。

隋为高句丽夫余城。

唐朝是为渤海国的夫余府。

辽灭渤海后，改名为黄龙府，并设黄龙县。

辽保宁七年（975年），黄龙府的卫将燕颇反叛，杀了都监张琚，辽派大军平定了这起叛乱。后辽圣宗再次把黄龙府迁回古城（农安），为了避免重名，把一面城由黄龙府改为通州，把古城（农安）仍称黄龙府。统辖五州（盖州、安远州、威州、清州、雍州）、三县（黄龙县、迁民县、永平县），归属东京道（今辽宁省辽阳市）管辖。辽兴宗时于东北境伊通河地置怀德县，为祥州治（今农安万金塔乡）。辽重熙六年（1037年），辽在黑龙江下游地区设节度使，统辖女真五国部，隶属于黄龙府。

金收国元年（1115年），完颜阿骨打反辽。金国建立以后，曾定都黄龙府，于金天会四年（1126年）攻入开封，掳走徽、钦二帝。金天眷三年（1140年）金下诏改黄龙府为济州，又设利涉县。后因与山东的济州重名，且因黄龙府早有龙州之称，故于金大定二十九年（1189年）改济州为隆州，有时亦写成龙州。金贞祐二年（1214年），将州升为府，称隆安府，亦作龙安府，为府治，属上京路。

蒙古窝阔台汗八年（1236年），仍称黄龙府，废利涉县。

元至元二十三年（1286年），将府升为路，黄龙府先后为开元万户府、辽东路、开元路治所。后来开元路治所迁到咸平（今开原市），黄龙府古城便被废弃。此后在战火的硝烟中慢慢变成一片废墟。

明洪武八年（1375年），归属辽东都司三万卫管辖，到永乐元年属奴尔干都司的亦东河卫，名为龙安站，明代中叶属兀良哈卫，明朝末年属蒙古科尔沁部，成为蒙古族的游牧之地。

清初属郭尔罗斯前旗游牧地，清乾隆五十六年（1791年）招流民垦种1800年（，嘉庆五年）设长春厅，农安属长春厅境地。光绪八年（1882年）于农安城分设经历，由于关内流民来此耕种的日渐增多，清政府在这里设农安分防照磨，属长春厅。光绪十五年（1889年）长春厅升为府，正式设农安县，隶属长春府。

民国二年（1913年）9月7日设扶农镇守使，使署驻农安县城，隶属吉林省。

民国三年（1914年）6月东北实行省、道、县三级管理制，农安隶属吉林省吉长道；民国十八年（1929年）东北政务委员会成立，废道制，县归省直接管辖，农安仍隶属于吉林省。

民国三十四年（1945年），“八·一五”光复后，归吉合行政区；12月被国民党军占领。

民国三十四年（1946年）1月，获得解放，归吉江区管辖；同年2月在前郭县的老钱柜屯设立长农县，归吉江区管辖；同年5月归辽吉区第三区，9月改归辽吉区第二专区。

1949年4月，划归吉林省，撤销长农县。

1956年，置农安镇。