早在五、六十万年前，“南召猿人”就群居在杏花山下，与“北京猿人”的时代大体相当，这是中原人类的共同祖先。与杏花山猿人遗址相毗邻的小空山猿人遗址，是中国发现的直立人阶段第二处人类已会用火和管理火的洞穴遗址。新石器时代的文化遗址遍及白河两岸及鸭河、黄鸭河、留山河、空山河流域，共有十多处。

大禹定九州，夏朝属于豫州之域。殷商仍属豫州，为谢国封地。西周为申国地，春秋属楚国底盘，战国后期，曾一度归于韩国。周赧王二十三年，秦大良造白起攻打韩国，县境遂属秦国。

中原人类的共同祖先——南召猿人

秦昭襄王三十五年（前272年），置南阳郡，始置雉县。两汉、三国两晋皆为雉县。

南北朝属雉阳郡，置向城。宋、元裁县，并入南阳县，设三辖巡检司。明成化十二年（1476年）复置县，因县城东北隅的南召店是宛洛大道上商旅息居的名驿，故以“南召”命名。

清顺治十六年（1659年）再废县制，并入南阳县，雍正十二年（1734年）又复置南召县，县名至今未易。

1947年11月4日解放，11日建立南召县人民民主政府，县城迁移李青店，旧邑改为云阳镇。