南充市高坪区历史悠久，早在新石器时期（约前五、六千年左右），境内就有先民生息。

夏时（约前21世纪到前17世纪），地属《禹贡》梁州。

周时（约前1121至前249）为巴国地。

秦时，今境内为阆中县地。

汉高帝五年（前202），今境内设置安汉县。

隋开皇十八年（599年），安汉县更名为南充县。

明代，为顺庆府。

1949年12月10日，中国人民解放军解放南充县。

1950年，建南充县。

1993年7月2日，国务院调整南充地区行政区划，南充县撤销，设置高坪区，为新设置的南充市市辖区。