春秋战国时期，属楚、吴。

秦，永宁分属九江郡棠邑、九江郡建阳县地。

汉为临淮郡棠邑、九江郡建阳县地。

后汉分属徐州广陵郡棠邑，光武帝六年（公元31年）改棠邑属广陵、扬州九江郡全椒县地。

魏分属徐州广陵郡棠邑、扬州淮南郡全椒县地。

晋分属徐州临淮郡棠邑、南豫州秦郡尉氏县地，扬州淮南郡全椒县地、南豫州秦郡顿丘县地。

南宋分属南豫州秦郡尉氏县地、南兖州秦郡尉氏、顿丘县地，北徐州新昌郡顿丘及平昌郡顿邱县地。

南齐分属北徐州新昌郡尉氏、青州齐郡尉氏县地、北徐州新昌郡顿丘、南徐州琅琊郡南谯县地。

梁分属南兖州秦郡尉氏县地、南谯州新昌郡顿丘县地。

东魏属谯州临滁郡顿丘县地（郡治在西葛城）。

北齐分属东广州尉氏县地、谯州临滁郡顿丘县地。

陈分属南兖州秦郡尉氏县地、南谯州新昌郡顿丘县地。

北周属吴州方州尉氏县地。

隋属方州尉氏、六合、扬州江都郡六合县地，滁州新昌郡、扬州江都郡清流县地。

唐分属淮南道六合、滁州清流县地。

五代、梁、唐期间为杨、吴地，晋汉间为南唐地。

周为扬州六合、滁州清流县地。

宋为淮南东路真州六合、滁州清流县地。

元属河南江北行中书省淮东道扬州真州六合、滁州清流县地。

明初属扬州六合县地、凤阳府滁州地。

明洪武九年（1376年）六月，建江浦县，永宁分属孝义乡、丰城乡，隶应天府。

清雍正四年（1726年），永宁分属东乡、北乡；清咸丰十年至同治三年（1860年～1864年），永宁属太平天国天浦省；光绪三十四年（1908年），永宁分属浦口市、永宁乡。

民国元年至二年（1912年～1913年）秋属江苏省南京府，民国10年～18年（1921年～1929年），永宁分属江苏省第九督察区江浦县第二区和第五区。

民国三十二年（1943年）1月，皖北和含专员公署在和县北乡与江浦地区建立江全办事处，永宁属皖江区党委江全办事处北山区。

民国三十三年（1944年）10月，淮南路东专员公署在江浦、六合、来安三县交界处建立江浦办事处，永宁属中共淮南区委办事处汊河区。

民国三十七年（1948年），撤区并乡，原有北城乡、花旗乡、高丽乡合并为北三乡，原东葛乡一部分及汊河乡并入永宁镇，永宁地区设有一镇一乡（永宁镇、北三乡）。

1949年4月21日，江浦全境解放，成立江浦县人民政府；5月，划归安徽省皖北行署滁州专区。永宁镇属永宁区；8月，撤销汤泉区，增设星甸区、永宁区，永宁属永宁区。

1950年4月，撤销星甸区、永宁区、恢复汤泉区，永宁属汤泉区。

1952年5月，改划汤泉区为星甸区、永宁区，永宁属永宁区。

1953年1月，永宁隶属于扬州专署。

1956年1月，永宁属镇江专署，3月，撤区并乡，永宁区划分为永宁乡、大桥乡，同年12月又隶属于扬州专署。

1958年7月，永宁划回南京市。

1962年5月，永宁属扬州专署。

1966年3月至1971年3月，永宁属六合专区。

1971年3月，永宁重新划回南京市。

1986年2月，撤销永宁乡、建立永宁镇，实行镇管村体制。

2000年4月，撤销大桥乡，以原辖区域并入永宁镇。

2002年，原浦口区和江浦县合并，5月26日，举行新浦口区成立庆典，永宁镇属南京市浦口区。

2013年8月，撤销浦口区永宁镇建制，设立浦口区永宁街道办事处。