新竹市，原名竹堑，是由平埔族语音译音而来。取竹堑的“竹”，象征日新月新之意而得名。

1626年，荷兰占据北台湾后，曾有荷兰人到竹堑传教。

当地大规模的开发，是从1661年郑成功入台另部属屯垦算起，主要屯田蓬山、后龙地区，势力广及竹堑。隶属天兴县，并置通事管理竹堑番社。

1683年清政府时期，竹堑改属诸罗县。1691年王世杰获准带领亲族180余人以暗仔街为中心垦植竹堑，广兴水利开发良田。而粤籍徐立鹏于1725年带领族人进入新竹、竹北、香山、新丰等地垦殖，形成客家移民聚落。雍正元年(1723年)，淡水厅治设于竹堑，成为清朝时期北台湾的一个重镇。1826年，竹堑进士郑用锡等人奏请兴建竹堑城获准，于1827年兴工，筑造砖石造城墙与四座城楼。清光绪元年（1875年），淡水厅废除，竹堑城改称新竹并设县治。

甲午战争后，新竹成为抵抗日本殖民者侵入北台湾的重要据点。

将新竹划归台北县，并置新竹支厅管理。

1920年9月合新竹、桃园支厅为新竹州，州治设于新竹郡(1930年新竹市自新竹郡分出，州治改新竹市)。

1941年合并香山庄全部及旧港、六家庄的一部分，扩大行政区域，下设廿五个区会协助推行市政。

1945年台湾光复，十月二十五日台湾行政长官公署接受日本人台湾总督的投降，十一月五日公布各州接管委员会。新竹州接管委员即于八日由主任委员率领来竹，九日开始接收原新竹州的机构。同月十七日接收新竹市役所，遂成立新竹市政府，隶属于接管委员会，十一月三十日将原日据时期所设二十五区改为九区，同时接收原各郡役所。翌年一月接管委员会结束，成立新竹县政府，暂借原新竹州厅办公。

1950年四月二十二日，台湾省政府公布本省地方自治实施纲要，十月二十五日调整全省行政区域，改设二十一县市，新竹地方乃将原省辖新竹市并原新竹县辖关西、新埔两镇、湖口、红毛、竹北、横山、芎林、北埔、峨眉等七乡及尖石、五峰两山地乡等成立为新竹县。县治设于新竹市，并将原新竹县分设桃园、苗栗两县，县治分设桃园、苗栗两镇。

1951年十二月一日，将原东、西、南、北等四区合并成立县辖市，新竹市公所在地置于中正路原东区区公所，四十四年夏迁入林森路原县立中学办公。

1982年六月准予自1982年七月一日起将原属新竹县的香山乡并入县辖新竹市，改制升格为省辖市，省辖市新竹市政府于1982年七月一日正式成立。

1990年十一月一日，新竹市下设东、北、香山等三个区公所，正式分区治事。

原为新竹县县辖市，1982年7月起改为省辖市。