相传远古时为白鹭栖息之地，故又称“鹭岛”。晋太康三年（282年）置同安县，属晋安郡，不久裁撤，并入南安县，直到600多年后才再次设县建制：闽国933年龙启元年时升为同安县，再次设县

，属泉州。唐贞元十九年（803年）析南安县西南部置大同场，唐光启二年（886年），王潮克泉州为刺史，至947年，南唐灭闽国，同安地为王潮和闽国治地，历时61年。王潮、王审知兄弟先后为威武军节度使，同安为其治地，闽国开平元年909年，王审知为闽王，立闽国，都福州，大同场为其辖地。 949年，南唐升泉州为清源军（辖今泉州、莆田、漳州）。963年，宋改清源军为平海军，以陈洪进为节度使，同安县属平海军。北宋太平兴国三年（978年），陈洪进纳土于宋，同安县始随平海军纳人宋土。同年，宋复平海军为泉州。宋属平海军、泉州。元属泉州路。明属泉州府。洪武二十年（1387年）始筑“厦门城”——意寓国家大厦之门，“厦门”之名自此列入史册。

清顺治七年（1650年）郑成功驻兵厦门，顺治十二年（1655年）置思明州；康熙十九年（1680年）废；康熙二十三年（1684年）设台厦兵备道，道尹驻台湾府治（雍正六年即1728年台湾府改为台湾道）属于福建省，二十五年（1686年）以泉州府同知分防设厅，雍正五年（1727年）起属于兴泉道（后为兴泉永道，辖今泉州、莆田、厦门，永春州、大田县）自泉州移驻厦门。

光绪二十九年（1903年）厦门鼓浪屿沦为“公共租界”，民国元年（1912年）4月析同安县嘉禾里（厦门）及金门、大小嶝置思明县，4月28日，思明县政府正式成立，隶属福建军政府，9月升思明府，旋废，1915年分出金门、大小嶝设金门县，同年置南路道（1914年改名厦门道，辖今泉州、莆田、厦门、大田县，1925年废）。

1933年“中华共和国人民革命政府”（即“福建人民政府”）设厦门特别市，旋废。翌年1月“闽变”失败后，厦门特别市政府和兴泉省随之撤销，厦门恢复思明县建制，与同安县均属福建省政府直辖。

1934年同安、思明县属第五行政督察区（驻同安），

1935年4月以厦门及鼓浪屿等7个岛屿设厦门市，撤销思明县设禾山特种区，与同安县同属第四行政督察区（驻同安，辖今泉州、莆田、厦门）。

1938年5月至1945年9月沦陷，10月恢复厦门市建制，设中心（后改思明）、开元、鼓浪屿、禾山4区。抗日战争胜利，国民政府恢复厦门市政府建制，直属福建省政府管辖。

1949年9月、10月，同安县、厦门市解放，同安县属第五专区（1950年改泉州专区、晋江专区），厦门为福建省辖市。

1950年10月，厦门市设开元、思明、鼓浪屿、厦港（后废）、禾山5区。

1953年，同安县集美镇归厦门市辖。

1958年1月，撤禾山区，改设郊区。

1958年8月，同安县由晋江专区划属厦门。

1966年8月，开元、思明区更名东风、向阳区。

1979年10月，复原名（开元、思明区）。

1970年2月，同安县划属晋江专区（地区）。

1973年6月，同安县再归厦门市。

1978年09月，设杏林区。

1987年，增设湖里区，郊区改名集美区。

1997年05月01日起，同安撤县设区。至此，厦门市辖鼓浪屿区、思明区、开元区、杏林区、湖里区、集美区、同安区7个区。

2003年5月起，经国务院批准厦门市调整部分行政区划。一、思明区、鼓浪屿区和开元区合并为新思明区；二、将杏林区的杏林街道办事处和杏林镇划归集美区管辖，杏林区更名为海沧区；三、设立翔安区，将同安区所辖新店镇、新圩镇、马巷镇、内厝镇、大嶝镇5个镇划归翔安区管辖。至今厦门市辖思明区、湖里区、集美区、海沧区、同安区和翔安区6个市辖区。

2014年12月12日起，国务院决定设立中国（福建）自由贸易试验区，其中厦门片区共43.78平方公里。