6000多年前就有祖先在境内雪山、南口等地繁衍生息。

西汉时期始设昌平县。

明正德元年（1506）县升为州。

民国2年（1913）撤州设县。

抗日战争、解放战争时期在县西部和北部地区建立中国共产党领导的昌宛、昌延、昌平、昌顺联合县等民主革命政权。

1948年12月12日昌平县解放。

1949年4月昌顺联合县分设昌平县，属察哈尔省南口专区；8月1日起属河北省通县专区。

1956年1月划归北京市管辖，撤县设区。

1960年1月，撤区复设昌平县。

1999年9月16日撤销昌平县设立昌平区。

2005年，全区辖15个镇，2个街道办事处，2个地区办事处。